Aylthon Brandão Joly (Itatiba, 15 de novembro de 1924 ? 29 de agosto de 1975) foi um botânico brasileiro.

Fez o curso secundário no ginásio do estado de Santos. Ingressou no curso de História Natural da Faculdade Filosofia, Ciências e Letras da Universidade de São Paulo, em 1943, bacharelando-se em 1945. Ingressou no Departamento de Botânica, como auxiliar técnico, em 1944. Em 1946, iniciou sua carreira docente, doutorando-se em Ciências em 1950.

Em 1957, prestou concurso para livre docente; em 1962, para professor associado (adjunto); e em 1973, para professor titular, já no Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo. Foi bolsista do The Rockefeller Foundation e "Fellow" da Guggenheim Memorial Foundation, tendo ainda recebido inúmeros auxílios do Conselho Nacional de Pesquisas, da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo e da UNESCO (Paris).

Publicou vários livros, tendo produzido quase uma centena de trabalhos especializados. Recebeu o Prêmio Jabuti, da Câmara Brasileira do Livro, pelo melhor livro da área e ciências biológicas, em 1966. Ministrou cursos de sua especialidade na Argentina (1962) e nos Estados Unidos (1971).

Deu cursos em inúmeras universidades brasileiras. Orientou o doutoramento e o mestrado de vinte discípulos, tendo formado inúmeros estagiários brasileiros e estrangeiros. Foi o iniciador do estudo de algas marinhas no Brasil, onde agremiou inúmeros discípulos. Fundou o departamento de Botânica da Universidade Estadual de Campinas e foi seu primeiro diretor. Foi chefe do departamento de Botânica e vice-diretor do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.